«Партизан» основан 4 октября 1945 года в Белграде молодыми офицерами Югославской народной армии через несколько месяцев после окончания Второй мировой войны. Название отсылало к партизанам, коммунистическому движению Сопротивления военных лет. С самого начала историю клуба определяет одно слово: молодость. В 1950 году клуб из футбольной секции армии превратился в самостоятельную организацию в рамках спортивного общества ЮСД «Партизан». Первые титулы пришли быстро: в 1947 году клуб выиграл чемпионат и кубок страны, но за первые пятнадцать лет завоевал лишь два чемпионских звания и четыре кубка, чего для клуба с такими амбициями было мало.
В Европе «Партизан» быстро вписал себя в историю. 4 сентября 1955 года он сыграл в первом в истории матче Кубка европейских чемпионов, завершившемся вничью 3:3 в Лиссабоне с «Спортингом». Первый гол в этом турнире забил Милош Милутинович. В четвертьфинале того розыгрыша белградцы встретились с «Реал Мадридом», проиграли в Мадриде 0:4 и выиграли ответный матч 3:0, выбыв с общим счётом 3:4, но завоевав уважение за пределами Югославии.
Переломным стали 1960-е годы, когда тренер сделал ставку на талантливую молодёжь со всей страны. Так возникла команда, которую называли «малышами «Партизана»»: она выиграла три чемпионата Югославии подряд, в 1961, 1962 и 1963 годах, и четыре титула за десятилетие. Из неё вышли, среди прочих, Велибор Васович, Фахрудин Юсуфи и Милан Галич. Венцом стал Кубок чемпионов 1965/66. На пути к финалу «Партизан» выбил «Нант», «Вердер» и «Спарту» Прага, а в полуфинале «Манчестер Юнайтед»: победил 2:0 в Белграде и проиграл 0:1 на «Олд Траффорд», пройдя дальше по сумме двух матчей 2:1.
Финал состоялся 11 мая 1966 года на стадионе «Эйзель» в Брюсселе. «Партизан» вышел вперёд после гола Васовича на 55-й минуте, но «Реал Мадрид» сравнял счёт на 70-й минуте усилиями Амансио, а шесть минут спустя победный гол забил Фернандо Серена. Поражение 1:2 остаётся главным достижением клуба: «Партизан» стал первой командой с Балкан и из Восточной Европы, сыгравшей в финале главного клубного турнира континента.
В последующие десятилетия клуб добавил новые главы. В 1978 году он выиграл Кубок Митропы, свой первый европейский трофей, а в 1989 году дошёл до четвертьфинала Кубка обладателей кубков. В сезоне 2003/04 он стал первым сербским клубом в групповом этапе Лиги чемпионов, выбив в квалификации «Ньюкасл Юнайтед» по пенальти. В группе ему достались «Реал Мадрид», «Порту» и «Олимпик» Марсель, а дома он сыграл с «Реалом» вничью 0:0. На национальном уровне у «Партизана» 27 чемпионских титулов, завоёванных в югославской, сербско-черногорской и сербской лигах, и 16 национальных кубков.
Традиция опоры на молодёжь сохранилась до наших дней. Центр CIES признал «Партизан» лучшим клубом Европы по подготовке игроков, а в 2019 году насчитал 75 воспитанников его академии в высших дивизионах 31 европейской страны. В истории клуба оставили след, среди прочих, Стьепан Бобек, который со 425 голами остаётся лучшим бомбардиром клуба, а также Бранко Зебец, Златко Чайковский, Милутин Шошкич, Предраг Миятович и Славиша Йокановичъ.
«Партизан» — это также болельщики, известные как «Гробари» («могильщики»), и большое дерби с «Црвеной звездой», называемое «вечным». С конца 1940-х годов команда проводит домашние матчи на «Стадионе Партизана», десятилетиями известном как «Стадион ЮНА» по названию армии, из которой вышел клуб. Для белградской публики чёрно-белые остаются символом гордости, военных корней и смелости сражаться с лучшими.