FK Partizan powstał 4 października 1945 roku w Belgradzie, z inicjatywy młodych oficerów Jugosłowiańskiej Armii Ludowej, w kilka miesięcy po zakończeniu II wojny światowej. Nazwa nawiązywała do partyzantów, czyli komunistycznego ruchu oporu z lat wojny. Od początku do dziś jego historię określa jedno słowo: młodość. W 1950 roku klub przekształcił się z armijnej sekcji piłkarskiej w samodzielną organizację w ramach towarzystwa sportowego JSD Partizan. Pierwsze tytuły przyszły szybko, bo już w 1947 roku klub zdobył mistrzostwo i puchar kraju, jednak przez pierwsze piętnaście lat zdobył zaledwie dwa tytuły mistrzowskie i cztery puchary, co nie satysfakcjonowało klubu o takich ambicjach.
W Europie Partizan szybko zapisał się w historii. 4 września 1955 roku zagrał w pierwszym meczu w dziejach Pucharu Europy, remisując w Lizbonie 3:3 ze Sportingiem. Pierwszą bramkę w tych rozgrywkach zdobył Miloš Milutinović. W ćwierćfinale tej edycji belgradczycy trafili na Real Madryt, przegrali 0:4 w Madrycie, a w rewanżu wygrali 3:0, odpadając 3:4 w dwumeczu, ale zyskując szacunek poza granicami kraju.
Przełom nastąpił w latach sześćdziesiątych, gdy trener postawił na utalentowaną młodzież z całego kraju. Powstał zespół zwany „dziećmi Partizana”, który zdobył trzy kolejne mistrzostwa Jugosławii, w 1961, 1962 i 1963 roku, a w sumie cztery tytuły w tej dekadzie. Wyrośli z niego między innymi Velibor Vasović, Fahrudin Jusufi i Milan Galić. Ukoronowaniem była edycja Pucharu Europy 1965/66. W drodze do finału Partizan wyeliminował Nantes, Werder Brema i Spartę Praga, a w półfinale Manchester United: wygrał 2:0 w Belgradzie i przegrał 0:1 na Old Trafford, awansując wynikiem 2:1 w dwumeczu.
Finał rozegrano 11 maja 1966 roku na stadionie Heysel w Brukseli. Partizan objął prowadzenie po golu Vasovicia w 55. minucie, ale Real Madryt wyrównał w 70. minucie za sprawą Amancia, a sześć minut później zwycięskiego gola zdobył Fernando Serena. Przegrany 1:2 finał pozostaje największym osiągnięciem klubu: Partizan jako pierwszy zespół z Bałkanów i Europy Wschodniej zagrał w finale najważniejszego europejskiego pucharu.
W dalszych dekadach klub dopisał kolejne rozdziały. W 1978 roku wygrał Puchar Mitropa, swoje pierwsze europejskie trofeum, a w 1989 roku doszedł do ćwierćfinału Pucharu Zdobywców Pucharów. W sezonie 2003/04 został pierwszym serbskim klubem w fazie grupowej Ligi Mistrzów, po tym jak w eliminacjach wyeliminował Newcastle United w rzutach karnych. W grupie trafił na Real Madryt, FC Porto i Olympique Marsylia, a u siebie zremisował z Realem 0:0. W krajowych rozgrywkach Partizan ma na koncie 27 mistrzostw, zdobytych w lidze jugosłowiańskiej, serbsko-czarnogórskiej i serbskiej, oraz 16 pucharów kraju.
Tradycja młodzieży przetrwała do dziś. Badania ośrodka CIES wskazały Partizana jako najlepszy w Europie klub pod względem szkolenia: w 2019 roku 75 wychowanków akademii grało w czołowych ligach 31 krajów. W historii klubu zapisali się między innymi Stjepan Bobek, który z 425 golami pozostaje najlepszym strzelcem w dziejach klubu, a także Branko Zebec, Zlatko Čajkovski, Milutin Šoškić, Predrag Mijatović i Slaviša Jokanović.
Partizan to też kibice, zwani Grobari (grabarze), i wielkie derby z Crveną zvezdą, nazywane „wiecznymi”. Mecze na własnym stadionie, od końca lat czterdziestych XX wieku, drużyna rozgrywa na Stadionie Partizana, znanym przez dekady jako Stadion JNA, od nazwy armii, z której klub się wywodzi. Czarno-biali pozostają dla belgradzkiej publiczności symbolem dumy, wojskowych korzeni i odwagi mierzenia się z najlepszymi.