«Воеводина» была основана 6 марта 1914 года в Нови-Саде группой учеников сербской православной гимназии при поддержке местных интеллигентов и ремесленников в ткацкой мастерской Савы Шийакова. Первый матч сыграли в селе Ковиль с местным клубом «Шайкаш», и он завершился победой новичков 5:0 — они вышли на поле в ярко-голубых футболках. Название означает воеводство, регион, крупнейшим городом которого является Нови-Сад, а болельщики зовут клуб «Воша».
В межвоенные годы «Воеводина» строила репутацию на местном уровне. Под руководством первого тренера и технического директора, юриста Косты Хаджи, в 1926 году она выиграла лигу Нови-Садского подсоюза — это был первый трофей в истории клуба, — а за региональный титул регулярно боролась с «НАК» из Нови-Сада. Настоящий национальный успех пришёл после Второй мировой войны. В 1966 году «Воеводина» впервые выиграла чемпионат Югославии, став третьим сербским клубом, которому это удалось, а второй титул добавила в 1989-м. Между ними лежит лучший результат клуба в Кубке европейских чемпионов — в сезоне 1966/67 команда дошла до четвертьфинала и с минимальным разрывом уступила будущему победителю — «Селтику». В 1977 году «Воеводина» под руководством Тодора Веселиновича выиграла Кубок Митропы, а в 1957-м была финалистом того же турнира.
Самый памятный европейский вечер современной эпохи пришёлся на 1998 год, в Кубке Интертото. В полуфинале с «Бастией» «Воеводина» проиграла первый матч в гостях 0:2, а ответный в Нови-Саде 5 августа выиграла 4:0 и прошла дальше с общим счётом 4:2. В финале она встретилась с «Вердером»: немцы выиграли первый матч 1:0 и сыграли вничью 1:1 в Нови-Саде, так что трофей достался им по сумме двух матчей — 2:1. До сих пор это самое близкое к европейскому трофею, что клуб имел после 1970-х годов.
В сербскую эпоху «Воеводина» остаётся клубом упущенных шансов в кубковых турнирах. С 1993 по 1997 год она пять раз подряд заняла третье место в национальном чемпионате, а в 1997 году проиграла финал кубка «Црвене Звезде». С 2007 по 2013 год клуб четыре раза доходил до финала Кубка Сербии и каждый раз проигрывал, пока наконец не выиграл трофей в сезоне 2013/14. Он снова завоевал его в 2019/20, так что на счету клуба два Кубка Сербии. В сезоне 1997/98 «Воеводина» выступила и в Кубке УЕФА, где в серии пенальти уступила «Викингу» после ничьей 2:2 по сумме двух матчей.
Клуб давно известен тем, что воспитывает игроков. Душан Тадич, воспитанник «Воеводины», дебютировал в основном составе в 2006 году в возрасте 17 лет и забил за неё 29 мячей в 107 матчах чемпионата, прежде чем в 2010 году перейти в «Гронинген». Позднее он стал капитаном сборной Сербии и звездой нидерландского и английского футбола. К другим выдающимся игрокам в истории клуба относятся Вуядин Бошков, Славиша Йоканович и Милош Красич.
С 1928 года «Воеводина» играет на стадионе «Караджордже». Долгое время он назывался Городским стадионом, а в 2007 году по просьбе болельщиков клуба получил имя Карагеоргия Петровича, предводителя Первого сербского восстания в начале XIX века. Клуб играет в красно-белых цветах, а сезон 2025/26 завершил серебряным призёром и чемпионата, и Кубка Сербии. Тот сезон ещё раз показал, что «Воеводина» близка к вершине сербского футбола, но по-прежнему ищет способ превратить эту близость в трофеи.