Werder BremaSV Werder Bremen zaczął, według tradycji, od nagrody wywalczonej w przeciąganiu liny. 4 lutego 1899 roku grupa 16-letnich uczniów, którzy wygrali piłkę w takich zawodach, założyła Fußballverein Werder. Pierwszy mecz klubu, 10 września 1899 roku, zakończył się zwycięstwem 1:0 nad ASC 1898 Bremen. Słowo „Werder” to regionalne określenie półwyspu rzecznego, a pierwsze boisko klubu leżało nad Wezerą. W 1920 roku klub przyjął obecną nazwę, Sportverein Werder Bremen. Jego barwy to zieleń i biel, od których pochodzi przydomek Die Grün-Weißen, a bywa też nazywany Die Werderaner.
Rzeka pozostaje częścią tożsamości klubu. Weserstadion stoi na północnym brzegu Wezery, otoczony parkami, a klub jest związany z tym miejscem od 1909 roku. Stadion miał w nazwie komercyjne przedrostki, ostatni w latach 2019–2024, ale w Bremie pozostaje po prostu Weserstadion.
Werder czterokrotnie zdobył mistrzostwo Niemiec, w latach 1965, 1988, 1993 i 2004, oraz sześciokrotnie Puchar Niemiec, w latach 1961, 1991, 1994, 1999, 2004 i 2009. Dwa najbardziej udane okresy łączą się z dwoma trenerami. Otto Rehhagel poprowadził klub w jego najlepszych latach końca lat 80. i początku 90., w tym do tytułów z 1988 i 1993 roku. Thomas Schaaf wygrał mistrzostwo w 1993 roku jako piłkarz, a jako trener dublet ligowo-pucharowy w 2004 roku. W 2009 roku obchodził dziesięciolecie pracy jako trener, a dyrektorem generalnym klubu przez znaczną część tego czasu był Klaus Allofs, w latach 1999–2012. Wśród zawodników, którzy ukształtowali klub, znajdują się nowozelandzki napastnik Wynton Rufer, Rudi Völler, Miroslav Klose, Claudio Pizarro oraz brazylijski rozgrywający Diego, który strzelił 54 gole w 132 meczach.
Największa europejska noc klubu przypadła na 6 maja 1992 roku na stadionie Estádio da Luz w Lizbonie, w finale Pucharu Zdobywców Pucharów. Werder Brema pokonał AS Monaco 2:0, po golach Klausa Allofsa w 40. minucie i Wyntona Rufera w 55., a mecz, rozegrany na stadionie o pojemności około 130 tysięcy miejsc, obejrzało tylko 16 tysięcy widzów. Drużyna Rehhagela rozpoczęła rozgrywki od pokonania Selena Bacău 11:0 w dwumeczu. Następnie wyeliminowała Ferencváros, Galatasaray i Club Brugge, a w finale w Lizbonie Schaaf wszedł na boisko z ławki. To trofeum pozostaje jedynym ważnym europejskim tytułem klubu. Werder wygrał też Puchar Intertoto UEFA w 1998 roku, a w Superpucharze UEFA 1992/93 przegrał z Barceloną 2:3 w dwumeczu.
Drugi europejski finał nadszedł w sezonie 2008/09, w ostatniej edycji Pucharu UEFA pod tą nazwą. Werder dołączył do rozgrywek w 1/16 finału i wyeliminował AC Milan dzięki bramkom na wyjeździe, po remisie 1:1 w Bremie i 2:2 na San Siro. Następnie pokonał Saint-Étienne i Udinese, a Diego strzelił cztery gole w ćwierćfinale z Udinese, a w półfinale wyeliminował lokalnego rywala, Hamburger SV. 20 maja 2009 roku w Stambule Werder przegrał finał 1:2 po dogrywce z Szachtarem Donieck. Naldo wyrównał po golu otwierającym Luiza Adriano, a zwycięskiego gola w 97. minucie strzelił Jádson, przy nieobecności zawieszonego Diego.
Rywalizacja z Hamburger SV, czyli Nordderby, to jedno z najbardziej tradycyjnych spotkań w niemieckim futbolu. W sezonie 2025/26 wróciło do Bundesligi po siedmiu latach. Werder wrócił do Bundesligi w 2022 roku po awansie z drugiego poziomu rozgrywek, a w sezonie 2025/26 zapewnił sobie utrzymanie na kolejkę przed końcem, kończąc rozgrywki na 15. miejscu. Dla klubu ukształtowanego przez rzekę, nagrodę z przeciągania liny i słynną noc w Lizbonie tradycja pozostaje równie ważna jak bieżąca tabela ligowa.