FC Viktoria Plzeň to klub, którego historię najlepiej opowiadają jego nazwy. Powstał 11 czerwca 1911 roku jako SK Viktoria Plzeň z inicjatywy kolejowego urzędnika Jaroslava Ausobskiego. Pierwszy mecz, rozegrany w sierpniu tego roku w czerwonych koszulkach i ciemnoniebieskich spodenkach, zakończył się porażką 3:7 z Olympią Plzeň. Czerwień i błękit pozostają barwami klubu do dziś. W XX wieku zespół występował pod nazwami odzwierciedlającymi przemysłową historię miasta: Sokol Škoda Plzeň (1949), Sokol ZVIL Plzeň (1952, od Zakładów im. Lenina), Spartak Plzeň (1953) i TJ Škoda Plzeň (1965). Do historycznej nazwy wrócił na początku lat 90.
Przez pierwsze 18 lat istnienia klub był amatorski, a w 1929 roku zdecydował się na profesjonalizację. W kolejnych sezonach po raz pierwszy awansował do najwyższej klasy rozgrywkowej. W sezonie 1934/35 zajął czwarte miejsce, co dało mu start w Pucharze Mitropa 1935, ówczesnych najważniejszych europejskich rozgrywkach klubowych. W dwumeczu z Juventusem Viktoria zremisowała u siebie 3:3, a w Turynie przegrała 1:5. Później klub wielokrotnie spadał i wracał do ekstraklasy, a w latach 1972–1980, jako Škoda Plzeň, spędził osiem kolejnych sezonów w najwyższej klasie. Wcześniej, w 1971 roku, wygrał czeską część Pucharu Czechosłowacji, a w finale ogólnokrajowym przegrał ze Spartakiem Trnawa 2:7 w dwumeczu. Ponieważ Trnava zdobyła też mistrzostwo, Pilzno wystąpiło w Pucharze Zdobywców Pucharów 1971/72, gdzie w pierwszej rundzie odpadło z Bayernem Monachium (2:7 w sumie).
Nowy rozdział rozpoczął się w XXI wieku. W 2005 roku 100% udziałów w klubie przejęli lokalni inwestorzy, a z Pilznem ponownie związała się firma Škoda. Trenerem w latach 2008–2013 (a potem ponownie w latach 2017–2019) był Pavel Vrba. 18 maja 2010 roku Viktoria wygrała finał Pucharu Czech 2:1 z Jabloncem, zdobywając pierwsze poważne trofeum, a w sezonie 2010/11 sięgnęła po pierwsze w historii mistrzostwo kraju, z dorobkiem 69 punktów wobec 68 Sparty Praga. Kolejne tytuły przyszły w sezonach 2012/13, 2014/15, 2015/16, 2017/18 i 2021/22, co daje łącznie sześć mistrzostw. Do tego dochodzą dwa Superpuchary Czech (2011, 2015). Stulecie klub świętował 11 czerwca 2011 roku na dziedzińcu browaru Pilsner Urquell, a w plebiscycie jubileuszowym w styczniu 2012 roku za najlepszego piłkarza w historii uznano Pavla Horvátha.
W Europie klub zadebiutował w fazie grupowej Ligi Mistrzów w sezonie 2011/12, po wyeliminowaniu FC Kopenhagi (5:2 w dwumeczu); w grupie trafił na Barcelonę i Milan. Pamiętny był sezon 2012/13 w Lidze Europy: Viktoria wygrała grupę przed obrońcą trofeum, Atlético Madryt, a w 1/16 finału pokonała Napoli 3:0 na wyjeździe i 2:0 u siebie. Zakończyła rywalizację dopiero w 1/8 finału z Fenerbahçe. Do fazy grupowej Ligi Mistrzów awansowała jeszcze w sezonach 2013/14, 2018/19 (z Realem Madryt, Romą i CSKA Moskwa) oraz 2022/23, gdy w grupie z Bayernem Monachium, Barceloną i Interem zmierzyła się z europejską czołówką.
Najgłośniejszy ostatnio występ klubu to sezon 2023/24 w Lidze Konferencji UEFA. Viktoria jako pierwszy czeski zespół w europejskich pucharach wygrała wszystkie sześć meczów fazy grupowej, tracąc tylko jedną bramkę, a rywalami byli Dinamo Zagrzeb, FC Astana i FC Ballkani. W 1/8 finału wyeliminowała szwajcarski Servette, a w ćwierćfinale po dogrywce przegrała z Fiorentiną. Kibice pieszczotliwie nazywają klub „Viktorka”.
Mecze domowe drużyna rozgrywa na Stadionie města Plzně (stadion miejski), przebudowanym w 2011 roku i mieszczącym około 11,7 tys. widzów. W 2017 roku zainstalowano tu ławki rezerwowych w kształcie puszki piwa, co nawiązuje do piwowarskich tradycji miasta. W młodzieżowych drużynach klubu (wtedy Škoda Plzeň) szkolili się m.in. bramkarz Petr Čech, który zaczął grać w wieku siedmiu lat, oraz Pavel Nedvěd, zdobywca Złotej Piłki w 2003 roku. Rekordzistą pod względem występów w barwach klubu jest David Limberský (393 mecze), a najlepszym strzelcem Daniel Kolář (66 goli).