«Эвертон» обязан своим нынешним домом, а косвенно и существованием главного соперника, спору об арендной плате. Клуб был основан в 1878 году как «Сент-Доминго» — команда, связанная с церковью в Ливерпуле, а в 1879 году получил название по району Эвертон, где он возник. С 1884 года команда играла на «Энфилде», но конфликт с владельцем стадиона Джоном Хаулдингом привёл к тому, что в 1892 году клуб ушёл и перебрался на другую сторону парка Стэнли, на «Гудисон Парк». Хаулдинг остался на «Энфилде» и основал «Ливерпуль». «Гудисон Парк», где «Эвертон» играл 133 года, считается первым крупным стадионом в Англии, построенным специально для футбола.
«Эвертон» был одним из двенадцати основателей Футбольной лиги в 1888 году и впервые выиграл чемпионат в сезоне 1890/91. Позднее титулы пришли в 1914/15, 1927/28, 1931/32 и 1938/39 годах. Сезон 1927/28 принадлежит Дикси Дину, забившему 60 голов в чемпионате — рекорд высшего дивизиона Англии, который так и не был побит. Вылет 1930 года оказался недолгим: в 1931 году «Эвертон» выиграл второй дивизион, а годом позже стал чемпионом страны. Традиции клуба выражает девиз Nil Satis Nisi Optimum («Ничто, кроме лучшего, не достаточно»), а на эмблеме изображена башня принца Руперта — известное здание района Эвертон. Клуб и его болельщиков называют «Тоффиз», а синий цвет футболок остаётся символом команды на протяжении поколений.
Шестидесятые годы стали новым золотым веком под руководством тренера Гарри Каттерика. «Эвертон» выиграл чемпионат в 1962/63 и 1969/70 годах и Кубок Англии в 1966 году, когда в финале отыгрался с 0:2 и победил «Шеффилд Уэнсдей» 3:2. Полузащита в составе Алана Болла, Колина Харви и Говарда Кендалла, прозванная «Святой Троицей», считалась одной из самых восхитительных в английском футболе. Позднее Кендалл вернулся в клуб как тренер и привёл его к лучшему десятилетию.
Команда, которую в 1980-х построил Говард Кендалл, с вратарём Нилом Саутхоллом в качестве опоры, выиграла Кубок Англии в 1984 году, а затем чемпионат и Кубок обладателей кубков в сезоне 1984/85. На пути к финалу «Эвертон» обыграл мюнхенскую «Баварию» 3:1 на «Гудисон Парк» в ответном полуфинале после безголевой ничьей в Мюнхене. В Роттердаме 15 мая 1985 года он победил венский «Рапид» 3:1, голы забили Энди Грей, Тревор Стивен и Кевин Шиди. За три недели до этого команда лишилась шанса на требл, проиграв финал Кубка Англии «Манчестер Юнайтед». Ещё один титул пришёл в сезоне 1986/87 — девятый в истории клуба. Трагедия на стадионе «Эйзель» в мае 1985 года и пятилетнее отстранение английских клубов от еврокубков лишили эту команду возможности проверить себя в Кубке чемпионов.
Последним крупным трофеем остаётся Кубок Англии 1995 года, выигранный со счётом 1:0 у «Манчестер Юнайтед», а пять побед в этом турнире (1906, 1933, 1966, 1984, 1995) — повод для гордости. «Эвертон» также постоянный участник высшего дивизиона: за исключением начала 1950-х и сезона 1930/31, он играет в нём с 1888 года, а с 1954 года — без перерыва более семи десятилетий. Из академии клуба вышел Уэйн Руни, дебютировавший в 2002 году в 16 лет.
В 2025 году мужская команда покинула «Гудисон Парк» и переехала на новый стадион на берегу Мерси, в районе Брэмли-Мур-Док, где 24 августа 2025 года прошёл первый официальный матч — победа 2:0 над «Брайтоном». «Гудисон Парк» избежал сноса, и сегодня его использует женская команда, так что старый стадион остаётся частью клуба.