FK Krasnodar dokonał czegoś niemal niespotykanego we współczesnej rosyjskiej piłce nożnej – 24 maja 2025 roku, zaledwie siedemnaście lat od powstania od podstaw, klub sięgnął po pierwsze w swojej historii mistrzostwo kraju, pokonując u siebie Dynamo Moskwa 3:0 i zdobywając tytuł, który przez dekady pozostawał domeną klubów o korzeniach sięgających czasów Związku Radzieckiego. Klub powstał 22 lutego 2008 roku z inicjatywy Siergieja Galickiego, założyciela sieci supermarketów Magnit, który postawił sobie za cel zbudowanie krasnodarskiej drużyny w oparciu o długofalową filozofię skoncentrowaną na wychowaniu własnych zawodników, a nie na transferach z zewnątrz. FK Krasnodar rozegrał swój pierwszy oficjalny mecz 12 kwietnia 2008 roku w Taganrogu, remisując 0:0 z Niką Krasnyj Sulin, wchodząc do piłki zawodowej bezpośrednio na poziomie trzeciej ligi – Drugiej Dywizji.
Od samego początku Galicki mocno inwestował w szkolenie młodzieży, otwierając klubową szkołę piłkarską już w roku powstania klubu, a dwa lata później akademię, w której mogli mieszkać i trenować młodzi piłkarze z innych miast – infrastrukturę liczącą dziś 37 oddziałów w regionie i uznawaną za jedną z najlepszych w Rosji. W 2010 roku zmodernizowano bazę treningową klubu, wyposażając ją w kilka boisk, centrum medyczne, baseny i komorę hiperbaryczną – warunki, o jakich w tamtym czasie mogła jedynie marzyć większość klubów rosyjskiej Priemjer-Ligi. Błyskawicznemu wznoszeniu się klubu po szczeblach piłkarskiej piramidy towarzyszyła poza boiskiem budowa nowego, liczącego 34 200 miejsc stadionu, oficjalnie otwartego 9 października 2016 roku meczem towarzyskim reprezentacji Rosji z Kostaryką, wraz z przylegającym doń parkiem publicznym, który stał się rozpoznawalnym elementem tożsamości klubu w mieście.
Krasnodar po raz pierwszy awansował do rosyjskiej Priemjer-Ligi w 2011 roku i od tego czasu regularnie występował w europejskich pucharach, w tym w fazie grupowej Ligi Mistrzów, zanim ostatecznie sięgnął po długo wyczekiwany tytuł mistrzowski. Po kilku wcześniejszych wicemistrzostwach kraju, w tym w sezonie 2023/24, gdy zwycięstwo nad Dynamem Moskwa nie wystarczyło, by odebrać koronę petersburskiemu Zenitowi, Krasnodar dopiął swego rok później, a bramka Nikity Kriwcowa, po asyście Eduarda Spercjana, przypieczętowała pierwsze w historii klubu mistrzostwo Rosji. FK Krasnodar rozgrywa swoje mecze domowe na własnym stadionie w Krasnodarze.