Moreirense FC został założony 1 listopada 1938 roku w Moreira de Cónegos, niewielkiej parafii w gminie Guimarães, w sercu regionu Minho. Przez pierwsze dekady był klubem czysto regionalnym, związanym z przemysłem włókienniczym doliny rzeki Ave i grającym w amatorskich rozgrywkach okręgu Braga. Do rozgrywek ogólnokrajowych trafił dopiero w 1979 roku. Jego historia jest więc przede wszystkim opowieścią o tym, jak mała społeczność potrafiła zbudować klub na poziomie, który długo wydawał się poza jej zasięgiem. Dodatkowo od początku funkcjonuje on w cieniu znacznie większych sąsiadów, Vitórii Guimarães i Sportingu Braga, z którymi dzieli region najgęściej usiany profesjonalnymi klubami w Portugalii.
W 1995 roku Moreirense po raz pierwszy awansował do drugiej ligi, w której pozostał przez pięć sezonów. Prawdziwy przełom nastąpił w 2002 roku, gdy klub zadebiutował w Primeira Liga. Pod wodzą trenera Manuela Machado zespół zajmował w pierwszych latach miejsca w środku tabeli, a w sezonie 2003/04 ukończył rozgrywki na dziewiątej pozycji, najwyższej w swojej historii. Po odejściu Machado do Vitórii Guimarães przyszły dwa kolejne spadki. Dopiero w 2010 roku klub wrócił na drugi poziom, a w 2012 roku ponownie do elity. Dwa tytuły mistrza drugiej ligi, z 2014 i 2023 roku, pokazują, że potrafi się odbudować po każdym zawodzie.
Najważniejszym momentem w dziejach Moreirense był jednak rok 2017. Zespół, prowadzony wówczas przez Augusto Inácio, w drodze do finału Pucharu Ligi Portugalskiej (Taça da Liga) wyeliminował między innymi FC Porto i Benficę. Dla klubu z Moreira de Cónegos był to w ogóle pierwszy finał w jakimkolwiek krajowym turnieju. 29 stycznia 2017 roku na Estádio Algarve Moreirense pokonał Sporting Braga 1:0, a zwycięskiego gola z rzutu karnego zdobył Brazylijczyk Cauê. Tym sukcesem klub zdobył swoje pierwsze trofeum na poziomie krajowym i na długo zapisał się w pamięci kibiców jako dowód, że w futbolu liczy się także organizacja, a nie tylko budżet.
Tożsamość Moreirense opiera się na relacjach między drużyną a lokalną wspólnotą. W miejscowości liczącej zaledwie kilka tysięcy mieszkańców dzień meczowy porządkuje życie całej parafii, a ta bezpośrednia więź tłumaczy, jak klub przetrwał spadki i kryzysy finansowe, które zniszczyły wiele portugalskich zespołów o znacznie dłuższej tradycji. Kibice nie tworzą anonimowej masy: to sąsiedzi, pracownicy lokalnych zakładów i rodziny związane z klubem od pokoleń. Zielono-biała koszulka jest dla nich znakiem przynależności do miejsca, którego nazwa bez futbolu nigdy nie trafiłaby na mapę portugalskiej piłki.
Domem klubu jest Estádio Comendador Joaquim de Almeida Freitas, otwarty w 2002 roku i mieszczący około 6150 widzów. Obiekt nosi imię Comendadora Joaquima de Almeidy Freitasa. Jego kameralna skala sprawia, że atmosfera przypomina raczej spotkanie lokalnej społeczności niż wielkie widowisko. To właśnie tutaj w sezonie 2016/17 Moreirense pokonał 1:0 Porto w fazie grupowej Pucharu Ligi, a później wyeliminował w drodze do finału także Benficę. Stadion jest więc nie tylko areną meczów, lecz także symbolem klubu, który mimo skromnych środków potrafi utrzymać się w najwyższej klasie rozgrywkowej i stawiać wyzwania największym.