Zulte WaregemW 2006 roku SV Zulte Waregem dokonało tego, czego nie dokonała dotąd żadna belgijska drużyna: wygrało krajowy puchar w pierwszym sezonie po awansie. Finał, rozegrany pod wodzą trenera Franky'ego Dury'ego, zakończył się wynikiem 2:1 z Excelsiorem Mouscron, a klub, który zaledwie rok wcześniej dotarł do najwyższej klasy, zdobył pierwsze poważne trofeum. Drugi Puchar Belgii przyszedł w 2017 roku, gdy zespół pokonał Ostendę w rzutach karnych, ostatnią jedenastkę wykorzystał obrońca Brian Hämäläinen, a bohaterem finału został bramkarz Sammy Bossut.
Klub powstał w 2001 roku, by reprezentować dwie społeczności. KSV Waregem, założony w 1925 roku, miał silniejszą tradycję: zdobył Puchar Belgii w 1974 roku, pokonując Tongeren 4:1, wygrał Superpuchar Belgii w 1982 roku, wyeliminował Atlético Madryt w Pucharze Miast Targowych 1968/69 dzięki bramkom na wyjeździe i dotarł do półfinału Pucharu UEFA w 1986 roku. W 2001 roku miał jednak kłopoty finansowe i przestałby istnieć bez fuzji z Zultse VV, klubem z sąsiedniej gminy Zulte, wywodzącym się z założonego w 1935 roku Zulte Sportief. Nowy klub zachował przydomek Essevee, pochodzący z Waregem, oraz zielono-czerwone barwy, a siedzibę władz ma w Zulte, choć gra w Waregem.
Awans był szybki. Zulte Waregem trafiło do drugiej ligi w 2002 roku i wygrało ją w sezonie 2004/05, co dało awans do najwyższej klasy w 2005 roku. Dury, który zaczynał jako trener Zultse VV w 1992 roku, był architektem tego rozwoju. Po przerwie, w której pracował z reprezentacją Belgii U21 i w Gent, wrócił pod koniec 2011 roku, a w sezonie 2012/13 klub rozegrał swój najlepszy sezon. Zakończył ligę na drugim miejscu za Anderlechtem, a walka o tytuł rozstrzygnęła się w decydującym starciu z mistrzem, w którym zwycięstwo dałoby Essevee mistrzostwo. Ten sezon do dziś opisuje się jako jeden z najmocniejszych występów małego klubu w belgijskiej piłce.
Dorobek europejski jest dłuższy niż większości klubów tej wielkości. W Pucharze UEFA 2006/07 Zulte Waregem pokonało w pierwszej rundzie Lokomotiw Moskwa 3:2 w dwumeczu, a następnie przegrało z Newcastle United w 1/16 finału. W 2013 roku odpadło z kwalifikacji Ligi Mistrzów z PSV, potem wyeliminowało APOEL 3:2 w dwumeczu barażu Ligi Europy, a w rewanżu w Nikozji decydującego gola strzelił w końcówce Jens Naessens, i awansowało do fazy grupowej, w której pokonało Wigan Athletic, ale dwukrotnie przegrało z Rubinem Kazań. W 2014/15 w kwalifikacjach wyeliminowało Zawiszę Bydgoszcz 5:2 w dwumeczu, a w 2017/18 w grupie Ligi Europy z Nicei, Lazio i Vitesse przegrało u siebie 1:5 z Niceą, ale wygrało na wyjeździe z Vitesse i u siebie z Lazio.
Stadion domowy, Regenboogstadion, czyli Stadion Tęczy, był domem KSV Waregem przed fuzją. Został przebudowany w czterech etapach, zakończonych w 2017 roku, mieści około 12,4 tysiąca widzów i spełnia wymogi UEFA dla meczów europejskich, co pozwoliło klubowi rozegrać u siebie kampanię 2017/18. Jego komercyjna nazwa zmieniała się, dlatego używamy tu nazwy historycznej.
Ostatnie lata były nierówne. Dury został zwolniony w grudniu 2021 roku, po dwudziestu latach, gdy zespół znajdował się blisko dna tabeli, a w kwietniu 2023 roku, po 18 sezonach w najwyższej klasie, Zulte Waregem spadło z ligi. Powrót nastąpił w 2025 roku, gdy klub wygrał Challenger Pro League w ostatniej kolejce, pokonując RWDM 2:1, a w sezonie 2025/26 zajął 13. miejsce na 16 drużyn w Belgian Pro League. Dla kibiców puchar z 2006 roku, walka o tytuł w 2013 roku i pamięć o europejskich wieczorach KSV Waregem pozostają punktami odniesienia klubu.