Klub, który stracił własne miasto, a mimo to nie zniknął z mapy futbolu, to Karabach Agdam, znany na arenie międzynarodowej jako Qarabağ. Założono go w 1951 roku w Agdamie, pod nazwą Məhsul, a obecną nazwę klub przyjął w 1987 roku. W 1988 roku jako Qarabağ wygrał mistrzostwo Azerbejdżańskiej SRR, a w 1992 roku został członkiem-założycielem ligi niepodległego Azerbejdżanu. Rok później zdobył pierwszy tytuł, jako pierwszy klub spoza Baku. Był to jednak już okres wojny o Górski Karabach, w którym zginął trener klubu, Allahverdi Baghirov, a drużyna musiała w 1993 roku opuścić zniszczony Agdam i przenieść się do Baku. Od tamtej pory Karabach nazywany jest „klubem uchodźców”.
Klub nosi przydomek Atlılar („Jeźdźcy”) i gra w czarno-białych barwach. Mecze krajowe rozgrywa na Azersun Arena w Baku, a europejskie na dużo większym Stadionie Republikańskim imienia Tofiqa Bahramova, azerskiego arbitra liniowego znanego z finału mistrzostw świata w 1966 roku. Największym rywalem jest stołeczny Neftçi.
Po pierwszym tytule w 1993 roku klub czekał na kolejny 21 lat. Przełom nastąpił w sezonie 2013/14, a od tamtej pory Karabach zdominował krajowe rozgrywki. Zdobył łącznie 12 tytułów mistrzowskich, ostatni w sezonie 2024/25, który był czwartym z rzędu, oraz osiem razy sięgnął po Puchar Azerbejdżanu. Przez większość tego okresu drużynę prowadzi trener Gurban Gurbanov, a stabilność na ławce trenerskiej uchodzi za jeden z głównych powodów sukcesów klubu.
Największe sukcesy odnosi jednak w Europie. W 2017 roku Karabach wyeliminował w barażach Ligi Mistrzów FC Kopenhagę (remis 2:2 w dwumeczu i awans po bramkach na wyjeździe) i jako pierwszy azerski klub zagrał w fazie grupowej tych rozgrywek, w grupie m.in. z Chelsea. W sezonie 2021/22 po raz pierwszy w historii wyszedł z grupy w europejskich rozgrywkach, a w sezonie 2025/26 po raz kolejny zagrał w fazie ligowej Ligi Mistrzów. Pierwszy mecz tej edycji, 3:2 na wyjeździe z Benficą, był zarazem pierwszym zwycięstwem Karabachu w fazie ligowej Ligi Mistrzów. Klub pokonał też u siebie 2:0 FC Kopenhagę i zremisował 2:2 z Chelsea, a fazę ligową zakończył na 22. miejscu.
Najsłynniejszym wieczorem tej kampanii był mecz z Eintrachtem Frankfurt, rozegrany 21 stycznia 2026 roku w Baku. Karabach dwukrotnie odrabiał straty: po bramce Camilo Durána w 4. minucie Eintracht wyrównał i wyszedł na prowadzenie po rzucie karnym w 78. minucie, ale Durán wyrównał w 80. minucie, a w 90+4 minucie zwycięską bramkę strzelił głową Bahlul Mustafazade. Wynik 3:2 przypieczętował odpadnięcie niemieckiego zespołu z walki o baraże.
W sezonie 2025/26 serię mistrzowską Karabachu przerwał Sabah, który 30 kwietnia 2026 roku zdobył swój pierwszy tytuł, a Karabach zakończył rozgrywki na drugim miejscu. To jednak nie zmienia tego, jak klub jest postrzegany. Karabach Agdam pozostaje symbolem narodowym wszystkich Azerów, dowodem, że klub potrafi przekuć tragiczną historię w wielki sukces sportowy i organizacyjny, bez własnego miasta, ale z pamięcią o nim.